Бухгалтерский форум

Нет, нельзя.

По БСО (распечатанной маршрут/квитанции электронного пассажирского авиабилета) вы можете принять к вычету НДС только со стоимости услуг авиаперевозчика (Письма Минфина от 30.01.2015 № 03-07-11/3522, от 30.07.2014 № 03-07-11/37594). Именно эту маршрут/квитанцию вы и будете регистрировать в книге покупок (п. 18 Правил ведения книги покупок, утв. Постановлением Правительства от 26.12.2011 № 1137). 

Причем агент не имеет права указывать стоимость своих услуг по оформлению проездных документов в электронном авиабилете. Ведь этот документ составляется от имени  авиаперевозчика и в нем должны быть указаны только его услуги. 

На свои услуги агент должен был составить отдельные документы, например акт оказанных услуг и счет-фактуру. И на основании счета-фактуры агента вы могли бы принять НДС к вычету (п. 7 ст. 171, п. 1 ст. 172 НК РФ). Поэтому постарайтесь получить счет-фактуру от агента. Если же сделать это невозможно, тогда предъявить НДС со стоимости услуг агента по оформлению проездных документов нельзя. 

На основании документа, подтверждающего оплату стоимости авиабилета и услуг агента, вы можете включить стоимость услуг агента вместе с НДС в состав прочих расходов (подп. 49 п. 1 ст. 264 НК РФ). Но претензии со стороны налоговиков из-за отсутствия первичного документа, подтверждающего расходы (п. 1 ст. 252 НК РФ), все-таки возможны.

Так что попросите агента представить вам полный комплект документов.